Las fragatas Clase Santa María están encuadradas en la 41ª Escuadrilla de Escoltas con base en Rota. La unidad está integrada en la estructura orgánica de la Flota y depende directamente del Almirante de la Flota (ALFLOT). Las seis unidades de esta Escuadrilla constituyen una parte fundamental de la capacidad de protección de la Armada Española, y por tanto, su principal misión es la protección de grupos de combate o grupos anfibios. Inicialmente concebidos como buques fundamentalmente antisubmarinos (ASW), estos barcos han asumido en la actualidad nuevos cometidos, entre los que cabe citar: escolta y apoyo en la proyección de una Fuerza Naval, protección al tráfico no combatiente, operaciones de interdicción marítima, integración en la defensa aérea territorial, y vigilancia y escolta en teatros de operaciones alejados.
